В период с 1987 г. по 2012 г. занимал должность заведующего кафедрой материаловедения, пластической и термической обработки СЗПИ (СЗТУ). Одновременно с 2007 г. работал директором Машиностроительно-технологического института СЗТУ.
После объединения СЗТУ с Горным университетом был избран деканом механического факультета Горного университета, в этой должности проработал с 2012 по 2014 г.
С 2012 и по настоящее время Е.И. Пряхин является заведующим кафедрой МиТХИ.
Пряхин Е.И. является членом Докторского совета по профильной специальности в ФГУП ЦНИИ КМ «Прометей».